Notre micobiote intestinal peut nous sauver.

Publié le par CYMONE

Bonjour

L’Institut National de la Recherche Agronomique, l’INRA, tient informé le public de ses recherches scientifiques sur le microbiote intestinal. C’est une chance de pouvoir bénéficier de leurs articles et pouvoir en extraire quelques réflexions sur notre génome, sur nos comportements alimentaires, sur nos traitements médicamenteux, et l’impact qu’ils ont sur nos intestins.

Notre microbiote censé protéger notre santé peut en être gravement endommagé. « Une altération de cet écosystème bactérien est associée à de nombreuses maladies chroniques dont l’incidence ne cesse d’augmenter. » Généralement, les malades atteints de MICI, de TFI, de SII (*) de Diabète, d’Allergies, d’Obésité (**) présenteraient une faiblesse et une altération du microbiote ; ceci expliquerait en partie cela.

Une nutrition personnalisée, des probiotiques bien ciblés, voire même la transplantation fécale, enrichiraient le microbiote.

Ces articles ont été mis à jour durant les années 2013 et 2014 ; mais depuis que s’est il passé ? (Voir en fin d'article de l'INRA, 2 liens internet pouvant apporter des réponses à ces questions)

La recherche médicale ayant sans aucun doute avancé sur le sujet, j’ose espérer que toutes ces études et toutes ces conclusions sont aujourd’hui mises en application et qu’elles portent leurs fruits.

Qu’en pensent vos médecins ?

Après avoir lu ces articles de l’INRA, quelles suggestions censées vous apporter la guérison ou diminuer vos souffrances, pouvez-vous leur communiquer?

Bonne lecture, bonne recherche des causes et des traitements adaptés à votre pathologie.

Cymone

(*)« Le métabolisme microbien aurait ainsi un rôle important dans la physiopathologie du SII »

(**)« complications liées à l’obésité : diabète de type 2, problèmes lipidiques, hépatiques, cardiovasculaires et peut-être certains cancers... Ces individus ont notamment tendance à développer une inflammation chronique »

INRA Science & Impact. Dossier « grand public »

http://www.inra.fr/Grand-public/Alimentation-et-sante/Tous-les-dossiers/Metagenome-intestinal

Microbiote intestinal, nouvel organe au potentiel extraordinaire

Notre intestin est l’hôte d’un immense écosystème bactérien : on comptabiliserait 100 000 milliards de bactéries, soit dix fois plus que le nombre de cellules constituant le corps humain ! Pesant deux kilos à lui tout seul - il est plus lourd que notre cerveau - ce « métagénome intestinal » possède chez chaque individu 30 fois plus de gènes que notre propre génome ! Ces bactéries, nichées tout au long de notre tube digestif, sont l’interface clef de nos cellules intestinales avec l’aliment, mais également avec les antibiotiques et les pathogènes. Leur dysfonctionnement a des incidences bien au-delà de la seule digestion, sur l’immunité et le système nerveux : des expériences montrent que l’absence de ces bactéries chez des animaux provoque des problèmes métaboliques, immunitaires voire neurologiques ! Une altération de cet écosystème bactérien est associée à de nombreuses maladies chroniques dont l’incidence ne cesse d’augmenter. On fait aujourd’hui le lien entre obésité, diabète, allergies et altération du microbiote. On a également constaté que le niveau d’anxiété de la souris pouvait être impacté et l’on travaille actuellement sur l’influence du microbiote sur des maladies psychiatriques et certaines formes d’autisme à déclenchement tardif.

Leader en métagénomique humaine

Depuis peu considéré comme un organe à part entière qui révolutionne science et médecine, il fait l’objet de nombreux programmes de recherches. ..

… Elles nous permettront sans doute de comprendre la sensibilité d’un individu à un traitement médical, à un pathogène, voire d’enfin mieux comprendre le lien entre l’alimentation et la santé ! Ces recherches ouvrent des portes à des thérapies plus personnalisées, voire à une médecine préventive».

Entérotypes comme des groupes sanguins

Les chercheurs remarquent ainsi que les microbiotes de malades souffrant de maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) ou de maladies métaboliques font plus souvent partie d’un entérotype présentant une faible richesse de gènes et espèces bactériennes. Ils s’aperçoivent surtout que ces patients sont plus exposés à un risque d’évolution de leur maladie ; ainsi, les sujets obèses pauvres en gènes prenant plus de poids avec le temps développeront plus souvent des complications comme le diabète ou des maladies cardiovasculaires… De plus, nous avons démontré que les interventions nutritionnelles simples peuvent à la fois améliorer la richesse et réduire le risque. Ceci ouvre des perspectives considérables pour la médecine préventive, préservant la santé tout en réduisant les coûts».

EXPLORER LE DIALOGUE INTESTIN BACTERIE

Les bactéries intestinales auraient des incidences « à distance », sur l’intestin mais aussi les organes du corps dont notre cerveau. Une modification de cet écosystème entrainerait de nombreuses maladies chroniques comme le diabète, l’obésité, les allergies, voire même des troubles cognitifs et de l’humeur. Le dialogue bactérie-cellule est ainsi central dans la préservation de la santé et du bien être.

LA RECHERCHE BACTERIENNE POUR LA MEDECINE DE DEMAIN

Les recherches sur le microbiote auront un impact majeur sur la nutrition, la médecine et la pharmacie de demain. Eclairage de Joël Doré, directeur de recherche en Ecologie microbienne humaine, sur l’impact de la recherche sur les microbiotes pour la médecine de demain.

Mis à jour le 18/12/2013

Les bactéries intestinales seraient capables de contrôler notre inflammation, notre faim voire même notre humeur. Comment la médecine intègrera ces découvertes, qui révolutionnent notre regard sur les bactéries et leur lien avec le corps humain ?

Joël Doré : La médecine se personnalisera en adaptant les traitements aux particularités des microbiotes des patients. Nos recherches stratifient la population - ou des patients - en groupes et avancent vers une médecine et une nutrition personnalisées. Nous associons aujourd’hui des espèces bactériennes particulières - une « signature du microbiote » - à des maladies immunes chroniques et incurables grâce à la métagénomique quantitative.

Cette métagénomique quantitative nous amènera-t-elle vers une médecine prédictive et préventive ?

J. D. : Depuis les années 50, nous avons mis en relation une moindre diversité microbienne avec des maladies immunes comme les MICI, TFI, diabète, allergies cutanées et respiratoires, mais nous ne connaissons pas encore le lien de causalité entre les deux…

De nouveaux médicaments, de nouveaux régimes, une alimentation personnalisée… Vos découvertes en métagénomique ouvrent d’immenses perspectives de recherche ! Quelles sont les attentes du monde médical ?

J. D. : … Les recherches sur le microbiote humain aboutiront sur la nutrition préventive, les aliments fonctionnels voire même jusqu’à la reconstruction du microbiote intestinal par la fécalothérapie ou transplantation fécale.

Comment peut-on modifier le microbiote pour soigner ces maladies ? Fécalothérapie : la transplantation fécale reconstitue-t-elle durablement un microbiote de malades ?

J. D. : On peut modifier notre microbiote par des recommandations nutritionnelles ou lui apporter des bactéries vivantes comme les probiotiques. Dans les cas extrêmes, la transplantation fécale consiste à inoculer le microbiote d’un donneur sain à un receveur. Pratiquée à titre ponctuel pour les colites récidivantes, elle n’est pas encore autorisée dans le contexte des essais cliniques en France. Pourtant en Chine, en Corée, la médecine traditionnelle soigne déjà avec les fèces depuis des siècles ! De nombreux essais cliniques sont en cours en Hollande sur les transplantations fécales afin d’en tester la pertinence pour soigner diverses maladies immunes.

Pourra-t-on bientôt faire analyser son microbiote ?

J D : Il est possible dès aujourd’hui de séquencer le métagénome intestinal de toute personne, et quelques sociétés privées le proposent déjà. Le coût reste cependant assez élevé et son utilisation systématique est peu envisageable aujourd’hui pour une large population de patients. Les technologies évoluant cependant très vite, il n’est pas exclu que cela devienne possible dans quelques mois ou quelques années tout au plus, et que l’analyse métagénomique trouve sa place « au lit du malade ».

UN MICROBIOTE FAÇONNE DES LA NAISSANCE

Les bactéries intestinales colonisent notre intestin dès les premières heures de la vie et forment très tôt un écosystème remarquablement stable tout au long de la vie.

Mis à jour le 18/12/2013

Le tube digestif, virtuellement stérile avant la naissance, est colonisé dès les tout premiers moments de la vie… Il faudra attendre cependant l’âge de deux à trois ans avant que le microbiote ne se stabilise. Il prend alors sa forme finale et personnelle, avec une diversité de plusieurs centaines d’espèces différentes qui se conservera tout au long de la vie.

Pour Joël Doré, directeur de recherche au sein des unités Micalis et MetaGenoPoliS de l’Inra « De nombreux événements précoces dans la période périnatale influencent le développement du microbiote : la prématurité, le mode de naissance, l’alimentation et les traitements antibiotiques peuvent avoir une incidence à long terme ». Le rôle de la mère dans la constitution du microbiote intestinal adulte est important. Des études, dès les années 80, ont montré l’impact du lait maternel dans l’éducation du système immunitaire et bactérien du bébé. Le lait maternel serait vecteur de signaux non encore identifiés même si ce domaine de la recherche progresse aussi très rapidement.

Un microbiote unique et résilient

Notre microbiote est remarquablement stable au cours des années. À l’âge adulte, des traitements médicamenteux, dont les antibiotiques, peuvent le modifier temporairement mais notre écosystème bactérien a une aptitude à être résilient et à retrouver son état d’équilibre initial au bout d’un ou deux mois. C’est aussi le cas de l’alimentation - les fibres alimentaires notamment - qui module transitoirement le microbiote. Mais de mauvaises pratiques alimentaires ou encore des traitements réalisés sur de longues durées peuvent entraîner une altération durable, voire définitive de notre microbiote.... L’altération du microbiote pourrait même s’accentuer au fil des générations, via le transfert de la mère à l’enfant ! La théorie hygiéniste propose que le changement des pratiques alimentaires et médicales et des modes de vie dans la deuxième moitié du vingtième siècle explique à lui seul l’augmentation observée de l’incidence des maladies immunes ou auto-immunes.

Depuis vingt ans, l’Inra étudie les maladies inflammatoires de l’intestin, comme la maladie de Crohn. On a ainsi constaté le lien entre l’altération du microbiote et l’installation de maladies chroniques. Mais l’altération du microbiote et son lien de causalité avec les maladies immunes reste encore difficile à prouver. Les chercheurs n’ont pas encore distingué qui de l’œuf ou de la poule était là le premier : «…Il semble ainsi qu’il faille traiter à la fois les symptômes et le microbiote de malades pour espérer prendre le pas sur des maladies chroniques » explique Joël Doré.

FLORE DU BIEN, FLORE DU MAL

Dans le microbiote intestinal, cet énorme pool de communautés bactériennes échange, détruit et synthétise des acides aminés, vitamines, acides gras à chaîne courte, et autres petites molécules bénéfiques… ou potentiellement toxiques pour l’hébergeur principal.

Par Cécile Poulain

Mis à jour le 10/02/2014

Publié le 01/02/2014

Ruminococcus bromii, Ruminococcus champanellensis, Bacteroides xylanisolvens, Faecalibacterium prausnitzii… Ces flores nous colonisent… pour le meilleur comme pour le pire ! …

Le microbiote est le centre d’un incroyable brassage alimentaire. Sa principale source de nourriture provient de nos fibres alimentaires qui n’ont pas été digérées précédemment et de nos propres secrétions : débris cellulaires, enzymes…

Des bactéries responsables de l'hypersensibilité viscérale

Ainsi des chercheurs de l’Inra ont observé, chez les patients atteints du syndrome de l’intestin irritable (SII), pathologie digestive affectant 10 à 20% de la population adulte occidentale, que la composition de leur microbiote intestinal était modifiée par rapport aux individus sains. Pour Annick Bernalier-Donadille, directeur de recherche en microbiologie à l’Inra «chez les patients SII plusieurs communautés bactériennes sont absentes alors que d’autres, qui produisent notamment du sulfure, prédominent. Les sulfures que produisent ces espèces sont potentiellement toxiques pour l’hôte et sont capables d’activer des récepteurs à la douleur. Ces bactéries pourraient ainsi avoir un rôle important dans l’hypersensibilité viscérale (présente chez 90% des patients SII) à l’origine de douleurs abdominales, via les sulfures qu’elles libèrent. Le métabolisme microbien aurait ainsi un rôle important dans la physiopathologie du SII ».

Contact(s) scientifique(s) :Annick Bernalier-Donadille Microbiologie

Département(s) associé(s) :

Microbiologie et chaîne alimentaire

Le microbiote est sensible à de nombreux facteurs affectant sa composition et son activité : la génétique de l’humain qui l’héberge, sa santé, sa prise d’antibiotiques… Et son régime alimentaire ! Des changements d’apport et/ou de nature des glucides, lipides et protéines peuvent en effet affecter les bactéries ainsi que l’environnement digestif (transit, pH). Toute rupture de cet équilibre perturbe les fonctions du microbiote et contribue à la genèse et/ou au maintien de maladies (inflammations, infections…)

DES PROBIOTIQUES AIDERAIENT A LUTTER CONTRE LA LISTERIOSE

Des chercheurs de l’Inra et de l’Institut Pasteur ont montré que des bactéries probiotiques, les lactobacilles, diminuent la propagation de la listériose dans l’intestin de la souris. C’est la première fois que l’on observe expérimentalement les mécanismes des effets protecteurs de ces probiotiques.

Par Cécile Poulain d'après Service de presse

Mis à jour le 18/12/2013

Publié le 05/12/2012

Les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité suffisante, apportent un bénéfice pour la santé de l'être humain. Certains probiotiques stimuleraient le système immunitaire, amélioreraient l'intolérance au lactose du lait de vache ou inhiberaient des micro-organismes pathogènes. Cependant aucun de ces effets attendus n’est aujourd’hui vraiment démontré…

Des bénéfices santé difficilement évaluables

Les mécanismes des effets bienfaisants des probiotiques pour la santé humaine et animale demeurent encore aujourd'hui mal compris et peu connus. « Les probiotiques sont prisés des scientifiques et industriels de l’agroalimentaire mais ils sont assez peu observés en fonctionnement…

La science est extrêmement active aujourd’hui pour essayer de démontrer l’effet des probiotiques sur des personnes malades, mais il n’y a jusqu’à présent pas d’études cliniques sérieuses ».

La bactérie Escherichia coli Nissle 1917 est un probiotique administré par voie orale dans plusieurs pays européens. ll constitue un traitement thérapeutique alternatif pour les patients atteints de Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin (MICI). Des chercheurs de l’Inra de Toulouse ont montré que cette bactérie produit une substance, la colibactine, qui est associée à l’activité anti-inflammation du probiotique mais qui est aussi capable de casser l’ADN des cellules intestinales et d’entraîner leur mort. Cette bactérie probiotique a donc un effet positif sur la diminution de l’inflammation mais aussi des effets secondaires potentiellement néfastes pour le patient…

Un probiotique est un micro-organisme (bactérie ou levure), qui, lorsqu'il est ingéré en quantité suffisante, exerce des effets positifs sur la santé, au-delà des effets nutritionnels traditionnels. Il aide à la digestion des fibres, stimule le système immunitaire et prévient ou traite la diarrhée. Aujourd’hui il existe sur le marché une dizaine de bifidobactéries et une dizaine de lactobacilles présents, vivants ou lyophilisés, dans certains produits alimentaires comme les yaourts, produits laitiers fermentés...

Pour que les probiotiques soient efficaces, il faut qu’ils parviennent vivants et en nombre suffisant dans le tube digestif. A cet endroit, notre microbiote, cocktail d’une centaine de milliards de micro-organismes, nous aide à assimiler les sucres, le lait… Ils synthétisent des vitamines que l’être humain ne pourrait digérer autrement et empêchent également le développement de bactéries potentiellement pathogènes. Les probiotiques, en interagissant avec cette flore intestinale, auraient pour effet de maintenir un équilibre entre ce microbiote bénéfique et ces autres micro-organismes pathogènes.

Par allégation de santé, on entend toute mention utilisée sur les étiquettes, lors de campagnes de marketing ou de publicité, selon laquelle la consommation d’un aliment donné ou d’un de ses ingrédients – tels que, par exemple, vitamines et minéraux, fibres et bactéries « probiotiques » – peut avoir des bienfaits pour la santé…

Source : l’autorité européenne de sécurité des aliments

PAUVRE OU RICHE (EN BACTERIES) PAS TOUS EGAUX FACE AUX MALADIES LIEES A L’OBESITE

Deux études publiées simultanément dans Nature le 29 août 2013 ouvrent des perspectives importantes dans le domaine de la médecine préventive et personnalisée. Conduites par l’Inra conjointement avec l’Inserm, l’UPMC et l’AP-HP ainsi qu’avec le CNRS, l’IRD, l’université d’Evry et des partenaires internationaux, ces études ont permis de distinguer pour la première fois, au sein d’une population, deux groupes d’individus différant par la faible ou grande richesse de leur flore intestinale (encore appelée microbiote intestinal) et par leur susceptibilité face aux maladies métaboliques liées à l’obésité. Les chercheurs ont ainsi observé que les individus ayant un déficit en bactéries intestinales (appauvrissement de la diversité) ont un risque accru de développer des complications liées à l’obésité. Parallèlement, ils ont réussi à améliorer la composition du microbiote grâce à un régime alimentaire spécifique. Il serait ainsi possible de développer un test simple d’identification de ces personnes à risque et de proposer une solution préventive adaptée.

Mis à jour le 16/09/2013

Publié le 28/08/2013

L’épidémie d’obésité touchait environ 400 millions d’individus adultes en 2005, elle concernera plus de 700 millions de personnes en 2015 et continuera d’augmenter. Les causes sont en partie environnementales (vie sédentaire, nourriture riche en énergie et facile à se procurer,…) et en partie génétiques. Mais l’obésité liée à des mutations génétiques humaines semble représenter une minorité de cas. De plus en plus de données indiquent que des variations dans notre « autre génome », le microbiome, c’est-à-dire le génome global de tous les microorganismes de notre corps, peuvent avoir plus de conséquences sur le développement de l’obésité que des variations dans le génome humain.

Deux types d’individus selon la composition bactérienne du tractus digestif

Une première étude menée par le consortium international MetaHIT*…D’après les résultats, il ressort que deux groupes d’individus se distinguent par le nombre de gènes microbiens différents de leur microbiote, ce qui correspond à la richesse des bactéries qu’ils portent et l’abondance de certaines espèces bactériennes intestinales... Par ailleurs, cette distinction n’est pas dépendante de la corpulence des individus car on retrouve des maigres et des obèses dans les deux groupes, même si le groupe déficitaire en bactéries comprend plus d’obèses (80 %).

Un risque accru de complications associées à l’obésité

En comparant ces deux groupes, les chercheurs ont découvert que les personnes pauvres en bactéries intestinales ont un risque plus important que les personnes riches en bactéries de développer des complications liées à l’obésité : diabète de type 2, problèmes lipidiques, hépatiques, cardiovasculaires et peut-être certains cancers... Ces individus ont notamment tendance à développer une inflammation chronique.

Des espèces bactériennes limitant la prise de poids

… Cette découverte pourrait, à terme, conduire au développement de nouveaux probiotiques permettant de lutter contre la prise de poids.

6 espèces bactériennes suffisent à différencier les « pauvres » des « riches »

… Ces résultats pourraient conduire à l’élaboration d’une méthode simple pour déterminer quel type de communauté microbienne intestinale un individu porte.

Un régime alimentaire permet d’enrichir le microbiote

… Les chercheurs ont ainsi pu corréler l’augmentation de la richesse bactérienne avec la réduction du poids et de la graisse…

Cependant, l’inflammation chronique n’a pu être corrigée par ce régime chez les individus pauvres en espèces bactériennes aussi efficacement que chez les individus riches…

L’ensemble des signes cliniques liés à l’obésité pourraient être corrigés, ou encore mieux prévenus, par la détection précoce de l’altération du microbiote et grâce à des recommandations nutritionnelles adaptées. Une telle voie, esquissée par ces deux études, pourrait conduire à une médecine préventive des maladies chroniques, alternative à la médecine curative dont le poids sur les sociétés industrialisées devient financièrement difficile à soutenir.

Références…
Contact(s)…

MetaHIT (METAgenomics of the Human Intestinal Tract) …http://www.metahit.eu/

MicroObes (Microbiome intestinal humain dans l’obésité et la transition nutritionnelle) est un programme de recherche de l'ANR, coordonné par l'Inra, qui s’est terminé en janvier 2011 et regroupait 5 unités de recherche appartenant à l’Inra, l'Inserm, l’AP-HP, le CEA. http://www7.inra.fr/micro_obes/le_projet

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